Materi Kuliah Mikrobiologi BAB 4

IV. PERTUMBUHAN DAN METABOLISME MIKROORGANISME
A. Pengertian Tumbuh dan Berkembang
Tumbuh dalam pengertian umum diartikan sebagai bertambahnya ukuran, sedangkan berkembang diartikan sebagai bertambahnya kuantitas. Oleh karena itu pertumbuhan dapat ditunjukkan dengan adanya pertambahan panjang, luas, volume, berat maupun kandungan tertentu, sedangkan berkembang ditunjukan dengan bertambahnya jumlah individu dan terbentuknya alat reproduksi. Dengan demikian dari segi ukuran, maka tumbuh merupakan proses dari pendek menjadi panjang, dari sempit menjadi luas, dari kosong menjadi berisi, dari ringan menjadi berat, sedangkan berkembang adalah dari sedikit menjadi banyak. Kuantitas atau ukuran pertumbuhan mikroorganisme dapat diukur dari [1] segi pertambahan dimensi satu, misalnya : panjang, diameter, jari-jari, dan jumlah sel ; [2] segi pertambahan dimensi dua, misalnya : luas, dan [3] segi pertambahan dimensi tiga, misalnya : volume, berat segar, berat kering. Selain tiga segi tersebut, pertumbuhan juga dapat diukur dari [4] segi komponen seluler, misalnya : RNA, DNA, dan protein dan [5] segi kegiatan metabolisme secara langsung, misalnya : kebutuhan oksigen, karbon dioksida, hasilan gas-gas tertentu dan lain-lain.
Pertumbuhan mikroorganisme dapat ditinjau dari dua sudut, yaitu : pertumbuhan individu dan pertumbuhan koloni atau pertumbuhan populasi. Pertumbuhan individu diartikan sebagai bertambahnya ukuran tubuh, sedangkan pertumbuhan populasi diartikan sebagai bertambahnya kuantitas individu dalam suatu populasi atau bertambahnya ukuran koloni. Namun demikian pertumbuhan mikroorganisme unisel (bersel tunggal) sulit diukur dari segi pertambahan panjang, luas, volume, maupun berat, karena pertambahannya sangat sedikit dan berlangsung sangat cepat (lebih cepat dari satuan waktu mengukurnya), sehingga untuk mikroorganisme yang demikian satuan pertumbuhan sama dengan satuan perkembangan. Pertumbuhan fungi multisel (jamur benang) dan mikroorganisme multisel lainnya dapat ditunjukan dengan cara mengukur panjang garis tengah (diameter) biakan, luas biakan, dan berat kering biakan. Pertumbuhan bakteri dan mikroorganisme unisel lainnya dapat ditunjukan dengan cara menghitung jumlah sel setiap koloninya maupun mengukur kandungan senyawa tertentu yang dihasilkan.
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
1
Waktu yang dibutuhkan dari mulai tumbuh sampai berkembang dan menghasilkan individu baru disebut waktu generasi. Contoh : waktu generasi bakteri E. Coli sekitar 17 menit, artinya dalam 17 menit satu E. Coli menjadi dua atau lebih E. Coli. Untuk mikroorganisme yang membelah, misalnya bakteri, maka waktu generasi diartikan sebagai selang waktu yang dibutuhkan untuk membelah diri menjadi dua kali lipat. Beberapa faktor yang mempengaruhi waktu generasi yaitu :
[1] Tahapan pertumbuhan mikroorganisme, misalnya seperti tersebut di atas yang menyatakan bahwa satu sel bakteri menjadi 2 sel bakteri memerlukan rentang waktu yang berbeda ketika 128 sel bakteri menjadi 256 sel ;
[2] Takson mikroorganisme (jenis, spesies, dll), misalnya bakteri Escherichia coli dalam saluran pencernakan manusia maupun binatang umumnya mempunyai waktu generasi 15 - 20 menit sedangkan bakteri lain (misalnya Salmonella typhi) mempunyai waktu generasi berjam-jam.
B. Kurve Pertumbuhan Mikroorganisme
Tahapan pertumbuhan mikroorganisme dapat digambarkan dalam bentuk kurve pertumbuhan. Kurve pertumbuhan mikroorganisme merupakan gambaran pertumbuhan secara bertahap yang diukur dari kuantitas (N) sel dalam waktu (t) tertentu. Jika misalnya bakteri berjumlah N0 sel membelah (tumbuh), maka
pada generasi ke-1 􀃎 N1 = N0 x 21
pada generasi ke-2 􀃎 N2 = N0 x 22
pada generasi ke-3 􀃎 N3 = N0 x 23
pada generasi ke-n 􀃎 N = N0 x 2n
Log N = Log N0 x n Log 2
n Log 2 = Log N - Log N0
301,0..2...00NLogNLogLogNLogNLogn−=−=
Generasi ke n = 3,32 [Log N - Log N0] 􀃎 0..32,3NNLogn=
Waktu generasi G = t / n 􀃎 0 ...301,0NLogNLogtG−= Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
2
Pertumbuhan mikroorganisme dimulai dari awal pertumbuhan sampai dengan berakhirnya aktivitas merupakan proses bertahap yang dapat digambarkan sebagai kurve pertumbuhan. Kurve pertumbuhan umumnya terdiri atas 7 fase pertumbuhan, tetapi yang utama hanya 4 fase yaitu : lag, eksponensial, stasioner, dan kematian. Kurve pertumbuhan yang lengkap merupakan gambaran pertumbuhan secara bertahap (fase) sejak awal pertumbuhan sampai dengan terhenti mengadakan kegiatan. Kurve pertumbuhan biasanya terbagi dalam 5 fase pertumbuhan, tetapi lebih terinci dalam 7 fase yakni sebagai berikut :
1. Fase lag disebut juga fase persiapan, fase permulaan, fase adaptasi atau fase penyesuaian yang merupakan fase pengaturan suatu aktivitas dalam lingkungan baru. Oleh karena itu selama fase ini pertambahan massa atau pertambahan jumlah sel belum begitu terjadi, sehingga kurve fase ini umumnya mendatar. Selang waktu fase lag tergantung kepada kesesuaian pengaturan aktivitas dan lingkungannya. Semakin sesuai maka selang waktu yang dibutuhkan semakin cepat.
2. Fase akselerasi merupakan fase setelah adaptasi, sehingga sudah mulai aktivitas perubahan bentuk maupun pertambahan jumlah dengan kecepatan yang masih rendah
3. Fase eksponensial atau logaritmik merupakan fase peningkatan aktivitas perubahan bentuk maupun pertambahan jumlah mencapai kecepatan maksimum sehingga kurvenya dalam bentuk eksponensial. Peningkatan aktivitas ini harus diimbangi oleh banyak faktor, antara lain : faktor biologis, misalnya : bentuk dan sifat mikroorganisme terhadap lingkungan yang ada, asosiasi kehidupan diantara organisme yang bersangkutan dan faktor non-biologis, misalnya : kandungan hara di dalam medium kultur, suhu, kadar oksigen, cahaya, bahan kimia dan lain-lain. Jika faktor-faktor di atas optimal, maka peningkatan kurve akan tampak tajam atau semakin membentuk sudut tumpul terhadap garis horizontal (waktu)
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
3
4. Fase retardasi atau pengurangan merupakan fase dimana penambahan aktivitas sudah mulai berkurang atau menurun yang diakibatkan karena beberapa faktor, misalnya : berkurangnya sumber hara, terbentuknya senyawa penghambat, dan lain sebagainya.
5. Fase stasioner merupakan fase terjadinya keseimbangan penambahan aktivitas dan penurunan aktivitas atau dalam pertumbuhan koloni terjadi keseimbangan antara yang mati dengan penambahan individu. Oleh karena itu fase ini membentuk kurve datar. Fase ini juga diakibatkan karena sumber hara yang semakin berkurang, terbentuknya senyawa penghambat, dan faktor lingkungan yang mulai tidak menguntungkan.
6. Fase kematian merupakan fase mulai terhentinya aktivitas atau dalam pertumbuhan koloni terjadi kematian yang mulai melebihi bertambahnya individu.
7. Fase kematian logaritmik merupakan fase peningkatan kematian yang semakin meningkat sehingga kurve menunjukan garis menurun
Pada kenyataannya bahwa gambaran kurve pertumbuhan mikroorganisme tidak linear seperti yang dijelaskan di atas jika faktor-faktor lingkungan yang menyertainya tidak memenuhi persyaratan. Beberapa penyimpangan yang sering terjadi, misalnya : fase lag yang terlalu lama karena faktor lingkungan kurang mendukung, tanpa fase lag karena pemindahan ke lingkungan yang identik, fase eksponensial berulang-ulang karena medium kultur kontinyu, dan lain sebagainya.
Pertumbuhan mikroorganisme dipengaruhi oleh banyak faktor, baik faktor biotik maupun faktor abiotik. Faktor biotik ada yang dari dalam dan ada faktor biotik dari lingkungan. Faktor biotik dari dalam menyangkut : bentuk mikroorganisme, sifat mikroorganisme terutama di dalam kehidupannya apakah mempunyai respon yang tinggi atau rendah terhadap perubahan lingkungan, kemampuan menyesuaikan diri (adaptasi). Faktor lingkungan biotik berhubungan dengan keberadaan organisme lain didalam lingkungan hidup mikroorganisme yang bersangkutan. Faktor abiotik meliputi susunan dan jumlah senyawa yang dibutuhkan di dalam medium kultur, lingkungan fisik (suhu, kelembaban, cahaya), keberadaan senyawa-senyawa lain yang dapat bersifat toksik, penghambat, atau pemacu, baik yang berasal dari lingkungaan maupun yang dihasilkan sendiri.
C. Pengukuran Pertumbuhan
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
4
Telah dikemukakan sebelumnya bahwa pertumbuhan dapat diukur menggunakan 5 segi dan dengan sendirinya akan tersedia banyak metode laboratorium untuk mengukurnya. Untuk membuat kurve pertumbuhan mikroorganisme maupun untuk kepentingan lain diperlukan perhitungan jumlah sel. Cara perhitungan yang paling umum menggunakan cara pengenceran. Cara pengenceran pada prinsipnya menyiapkan beberapa buah tabung yang berisi seri pengenceran, kemudian masing-masing tabung dihitung jumlah selnya.Ada beberapa cara yang dapat dilakukan, misalnya :
1. Menghitung sel hidup dengan cara ditanam pada media padat .
2. Menghitung dengan ruang hitung.
3. Menghitung dengan turbidometer.
MENGHITUNG SEL HIDUP DENGAN CARA DITANAM PADA MEDIA PADAT
Perhitungan melalui pengenceran dan diteruskan dengan menumbuhkan pada media kultur. Ada dua cara menumbuhkan pada media kultur, yakni : bentang rata (spread-plate) dan tabur tuang rata (pour-plate). Cara spread-plate dilaksanakan dengan meneteskan 100 μl suspensi sampel di atas medium kultur padat kemudian dibentang ratakan menggunakan batang gelas bentuk huruf L. Cara pour-plate dilaksanakan dengan meneteskan 100 μl suspensi sampel di dalam cawan petri kemudian dituangi medium cair dan digoyang-goyang supaya sampel bercampur homogen dengan medium kultur (lihat gambar berikut).
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
5
Koloni yang tumbuh dianggap berasal dari satu sel atau satu potong propagul. Propagul adalah individu atau bagian darinya yang mampu tumbuh menjadi individu baru. Oleh karena itu jumlah koloni yang tumbuh pada medium kultur cara ini akan sama dengan jumlah sel atau propagul yang ditanam. Dengan demikian jumlah sel atau jumlah propagul dalam g gram bahan dapat dikonversikan menggunakan rumus dengan arti lambang JS = jumlah sel, a = jumlah koloni dalam satuan medium, g = berat atau volume bahan yang diencerkan, sedangkan d = faktor pengenceran, dan pangkat s = jumlah pengenceran. Sebagai contoh pada gambar di atas, medium terakhir ditumbuhi 5 koloni (a), berat bahan 10 gram (g), faktor pengenceran 10 (d), dan jumlah pengenceran 8, sehingga jumlah sel = 5 SdgaJS**=* 10 * 108 = 5*109 sel per 10 gram bahan atau 5.108 sel/g bahan. Perhitungan melalui pengenceran yang diteruskan dengan menumbuhkannya dalam medium kultur merupakan cara yang mudah dan murah tetapi sel yang terhitung hanya sel-sel yang hidup. Sel-sel yang tidak terpisah akan tumbuh menjadi satu koloni, oleh karena itu pengencerannya harus benar-benar mengakibatkan antara sel yang satu dengan sel yang lainnya saling terpisah.
MENGHITUNG DENGAN RUANG HITUNG Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
6
Perhitungan sel menggunakan ruang hitung dilakukan dengan menggunakan suspensi hasil pengenceran diteteskan ke dalam ruang hitung kemudian ditutup menggunakan gelas penutup preparat. Hindari terjadinya gelembung udara pada waktu menutup ruang hitung. Ruang hitung yang digunakan biasanya berupa hemasitometer atau ruang penghitung sel-sel darah merah (lihat gambar di bawah) Pemeriksaan selanjutnya dilakukan di bawah mikroskop dengan cara menghitung jumlah sel yang ada di dalam ruang hitung. Ada tiga macam ruang hitung yang dapat digunakan dengan ukuran ruang yang saling berbeda. Perhitungan akan lebih mewakili dari
jumlah sel yang sebenarnya jika menggunakan semua macam ruang hitung dan sistem pengencerannya yang benar-benar homogen, sehingga hasil rata-rata menjadi lebih akurat.
a. Jika yang digunakan kotak kecil
Volume 1 kotak kecil (KK) = 0,05 mm x 0,05 mm x 0,1 mm = 25. 10-5 mm3
Jika jumlah sel dalam 1 KK = XK sel
maka 25 . 10-5 mm3 = XK sel
2510..153KXmm= = 4.000 XK
Jadi dalam 1 ml suspensi = 1.000 x 4.000 XK
Rumus menggunakan KK 􀃎 1 ml = 4 juta x XK
b. Jika yang digunakan kotak panjang
Volume 1 kotak panjang (KP) = 0,25 mm x 0,05 mm x 0,1 mm = 125. 10-5 mm3
Jika jumlah sel dalam 1 KP = XP sel
maka 125 . 10-5 mm3 = XP sel
12510..153PXmm= = 800 XK
Jadi dalam 1 ml suspensi = 1.000 x 800 XK
Rumus menggunakan KP 􀃎 1 ml = 800.000 x XP Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
7
c. Jika yang digunakan kotak besar
Volume 1 kotak besar (KB) = 0,25 mm x 0,25 mm x 0,1 mm = 625. 10-5 mm3
Jika jumlah sel dalam 1 KB = XB sel
maka 625 . 10-5 mm3 = XB sel
62510..153BXmm= = 160 XK
Jadi dalam 1 ml suspensi = 1.000 x 160 XK
Rumus menggunakan KB 􀃎 1 ml = 160.000 x XP
D. Nutrisi
Semua mikroorganisme memerlukan ‘bahan makanan’ untuk kehidupannya. Bahan makanan tersebut dapat berupa bahan organik maupun bahan anorganik yang diambil dari lingkungannya. Bahan-bahan ini kita sebut nutrien, dan proses pengambilan atau penyerapan (absorbsi) nutrien kita sebut nutrisi.
Nutrien yang telah diserap ke dalam sel mikroorganisme digunakan oleh sel melalui proses yang disebut metabolisme. Ada dua macam proses metabolisme, yaitu katabolisme atau dissimilasi atau bioenergi, dan anabolisme atau assimilasi atau biosintesis. Nutrien yang diperlukan oleh mikroorganisme secara keseluruhan mengandung : sumber karbon (karbohidrat), sumber nitrogen (protein, amoniak), ion-ion anorganik tertentu (Fe, K), metabolit penting (vitamin, asam amino), dan air.
Pada proses katabolisme, nutrien berfungsi sebagai sumber energi atau penerima elektron. Sumber energi pada mikroorganisme misalnya bahan organik yang diuraikan menjadi bahan-bahan yang lebih sederhana. Energi yang dihasilkan berupa energi kimia yang diperlukan untuk aktivitas sel, misalnya untuk pergerakan, pembentukan spora, biosintesis, dan lain-lain. Nutrien selain sebagai sumber energi juga berfungsi sebagai penerima elektron, misalnya oksigen dan KNO3. Pada biosintesis, nutrien berfungsi sebagai bahan baku sintesis macam-macam komponen maupun senyawa sel.
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
8
Metabolisme merupakan istilah yang mencakup semua proses kimia yang terjadi di dalam sel organisme untuk menghasilkan maupun menggunakan energi untuk sintesis komponen sel, analisis komponen sel dan kegiatan seluler lainnya. Disimilasi atau katabolisme merupakan kegiatan metabolisme sel yang membebaskan energi melalui perobakan nutrien. Asimilasi atau anabolisme merupakan kegiatan metabolisme sel yang menggunakan energi untuk sintesis dan fungsi sel lainnya.
Eksoensim yang diekresikan mikroorganisme untuk merombak nutrien di luar sel, merupakan produk metabolisme. Jika nutrien telah berubah menjadi nutrien sederhana yang diperlukan dan masuk ke dalam sel maka endoensim mengubahnya kembali menjadi ramuan kompleks protoplasma yang mengandung energi. Metabolisme terdiri dari dua proses yang berlawanan, yaitu katabolisme dan anabolisme, tetapi keduanya berlangsung serempak. Anabolisme merupakan proses sintesis dan penggunaan energi sedangkan katabolisme proses oksidasi substrat yang diikuti perolehan energi.
Bila sel merombak ikatan-ikatan kimia tertentu selama katabolisme, energi yang dilepaskan menjadi tersedia untuk melangsungkan kerja biologis yang membutuhkan energi. Selama masa hidup mikroorganisme, kerja biologis ini bersifat ekstensif dan beragam. Mikroorganisme heterotrofik nonfotosintetik (kemosintetik) memperoleh energi dari oksidasi senyawa-senyawa anorganik. Mikroorganisme fotosintetik memperoleh energi dari cahaya.
Ensim
Semua proses biologis, misalnya : nutrisi, bioenergi dan biosintesis selalu memerlukan biokatalisator yang disebut ensim. Banyak percobaan yang dilakukan oleh mikrobiolog dan kini kita mengetahui bahwa perubahan air buah anggur (gula) menjadi alkohol bukan hanya sekedar pemecahan molekul gula menjadi alkohol tetapi merupakan serangkaian reaksi terpisah yang berurutan yang masing-masing diarahkan oleh molekul khusus di dalam sel.
Reaksi yang terjadi di dalam sel hanya mungkin berlangsung dengan pertolongan ensim yang dihasilkan oleh sel. Seperti halnya katalisator-anorganik, ensim dapat mempercepat reaksi kimia dan ensim sendiri tidak mengalami perubahan atau jumlah ensim sebelum dan sesudah reaksi akan tetap. Ensim seperti halnya kunci pintu yang dapat membuka daun pintu dari kusennya dan
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
9
sebaliknya dapat merapatkan daun pintu dengan kusennya. Di dalam mikroorganisme, ensim melakukan pengendalian genetis, sintesis senyawa, analisis senyawa dan lain-lain yang berperan dalam pertumbuhan, diferensiasi, maupun perkembangan mikroorganisme.
Jumlah ensim di dalam sel sangat sedikit tetapi mempunyai daya yang sangat besar untuk melakukan perubahan biokimia. Di dalam reaksi ensimatik (reaksi yang membutuhkan ensim) akan terjadi ikatan sementara antara ensim dengan substratnya, kemudian ikatan ini akan pecah kembali menjadi hasil reaksi dan ensim. Ensim yang terlepas kemudian bergabung lagi dengan substrat lain sehingga terjadi reaksi yang berulang-ulang sampai semua molekul substrat yang tersedia habis menjadi produk, sehingga ensim mempunyai mekanisme kerja efisiensi katalitik yang tinggi. Ilustrasi reaksi dapat digambarkan sebagai berikut :
E + S ↔ ES ↔ E + P
Keterangan : E = ensim ; S = substrat ; ES = ikatan ensim-substrat ; P = hasil reaksi
Selain mempunyai efisiensi katalitik yang tinggi, ensim juga mempunyai spesifikasi substrat yang tinggi. Artinya, sel hanya menghasilkan satu ensim untuk setiap senyawa dalam proses metabolisme, tetapi perubahan suatu senyawa menjadi senyawa yang lain biasanya tidak dilakukan oleh satu ensim tunggal tetapi oleh sekelompok ensim yang disebut sistem ensim yang bekerja secara berurutan, masing-masing menyebabkan terjadinya suatu reaksi kimia yang menghasilkan perubahan spesifik pada produk yang dibentuk oleh reaksi ensimatis yang mendahuluinya. Reaksi terakhir dalam sistem ini menghasilkan produk akhir.
Untuk menamakan ensim tunggal digunakan akhiran –ase, misalnya : suksinat dehidrogenase, ensim ini bekerja pada substrat suksinat dalam proses reaksi dehidrogenasi (mengambilan hidrogen), ensim hidrolase bekerja untuk menambah molekul air (hidrolisis) untuk memecahkan ikatan kimia substrat. Untuk penamaan suatu kompleks ensim yang terdiri dari banyak ensim berdasarkan reaksi-reaksi yang dikatalisis digunakan kata sistem, misalnya sistem suksinat oksidase, yang mengkatalisis oksidasi asam suksinat oleh oksigen dalam beberapa
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
10
langkah reaksi oleh beberapa ensim tunggal. Klasifikasi ensim hanya diperuntukan ensim tunggal dan bukan untuk sistem ensim.
Ensim diklasifikasi dalam berbagai kategori sesuai dengan reaksi yang dikatalisisnya. Menurut komisi ensim persatuan biokimia internasional (Commission of Enzymes of the International Union of Biochemistry), ensim dibedakan menjadi enam kelompok, yaitu : oksidoreduktase, transferase, hidrolase, liase, isomerase, dan ligase1
1. Oksidoreduktase : mengkatalisis reaksi pemindahan elektron atau atom hidrogen (transfer elektron). Ensim oksidoreduktase melaksanakan reaksi dan menghasilkan energi. Ada ± 200 jenis oksidoreduktase, penghasilan energi sering dilakukan oleh ensim dehidrogense dengan membuang hidrogen juga membuang elektron sehingga dilepaskan energi yang kemudian dapat ditangkap sel dan disimpan dalam bentuk energi kimia.
2. Transferase : mengkatalisis reaksi pemindahan gugusan kimia fungsional (fosfat, amino, metil,) dari suatu substrat ke substrat lain. Reaksi pemindahan ini tidak menghasilkan energi, tetapi mengubah substrat menjadi senyawa yang dapat dioksidasi atau menjadi senyawa yang dapat digunakan untuk sintesis material sel. Nama kinase digunakan khusus untuk pemindahan fosfat dari ATP.
3. Hidrolase : mengkatalisis reaksi hidrolisis atau penambahan molekul air untuk memecahkan ikatan kimia substrat. Disebut hidrolase karena ensim ini menghidrolisis molekul-molekul besar menjadi komponen-komponen kecil yang dapat digunakan. Misalnya : amilum, selulose menjadi glukose, protein menjadi asam amino, lemak menjadi gliserol. Pada mikroorganisme ensim-ensim ini diekskresikan ke luar tubuh (lingkungan) sehingga senyawa-senyawa besar di luar tubuh dipecah dulu oleh ensim menjadi molekul yang lebih kecil atau larut dan dapat memasuki sel sebagai nutrien. Oleh karena itu ensim hidrolase disebut eksoensim. Yang termasuk hidrolase yaitu : selulase (menghidrolisis selulose menjadi glukose), amilase (menghidrolisis amilum menjadi maltosa), protease (menghidrolisis protein menjadi asam amino), lipase (menghidrolisis lemak menjadi gliserol dan asam lemak), dan nuklease (menghidrolisis RNA dan DNA menjadi molekul yang lebih kecil). Dengan demikian eksoensim ini bertanggung jawab terhadap kemampuan mikroorganisme untuk mengabsorbsi nutrien dari bahan yang ukurannya molekulnya besar. Beberapa eksoensim merupakan racun
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
11
dan menyebabkan mikroorganisme bersifat penyebab penyakit dengan mengkatalisis reaksi-reaksi yang merusak komponen sel organisme lain.
4. Liase : mengkatalisis reaksi penambahan gugusan ikatan ganda pada molekul dan membuang gugusan non-hidrolitik dengan meninggalkan ikatan ganda. Hal ini umumnya menyangkut pembuangan air (malat → fumarat + H2O), amoniak (serin → piruvat + NH3 + H2O), dan gugus karboksil (lisin → verin + CO2.
5. Isomerase : mengkatalisis reaksi isomerasi atau pengubahan suatu senyawa menjadi isomernya (senyawa yang memiliki atom-atom yang sama tetapi berbeda struktur molekulnya, misal : manosa → fruktosa ; L_glutamat →D_glutamat).
6. Ligase : mengkatalisis reaksi penggabungan dua molekul menjadi satu molekul atau pembentukan ikatan disertai pemecahan atau penambahan ATP (adenin triphosphat)
Sejumlah ensim, terutama yang membuang sebagian molekul substrat seperti dehidrogenase, liase, dan transferase, memerlukan molekul kedua untuk menampung molekul yang dibuang dan membawanya ke penerima lainnya. Molekul pembawa molekul buangan ini disebut koensim. Ensim biasanya berupa molekul protein tetapi koensim bukan protein meskipun sebagian besar berupa senyawa organik molekul kecil.
Aktivitas ensim dipengaruhi oleh banyak faktor, antara lain : konsentrasi ensim, kandungan substrat, keasaman (pH), dan suhu. Hubungan aktivitas ensim dengan konsentrasinya menunjukkan hubungan linier bahwa semakin tinggi konsentrasi ensim maka aktivitas ensim juga semakin cepat. Hubungannya dengan kandungan subtrat menunjukan bahwa mula-mula aktivitasnya naik dengan cepat, kemudian tidak berpengaruh terhadap pertambahan substrat. Hal ini disebabkan karena konsentrasi ensim yang terbatas akan menyebabkan jumlah subtrat yang dikatalisis juga terbatas sehingga pada batas ini, penambahan substrat tidak berpengaruh terhadap aktivitasnya. Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
12
Hubungannya dengan keasaman menunjukan bahwa semakin jauh dari kondisi kisaran pH normal aktivitasnya semakin menurun, hal ini disebabkan karena ensim akan aktif dalam keadaan ionisasi yang tepat. Kondisi ionisasi yang tepat untuk ensim yang berbeda juga berbeda tetapi pada umumnya berkisar pada daerah netral (6 – 8). Hubungannya dengan suhu menunjukkan bahwa naiknya suhu akan meningkatkan aktivitas tetapi pada kenaikan suhu tertentu akan menurunkan aktivitas yang akhirnya menghentikan aktivitas. Ada tiga pengaruh suhu terhadap aktivitas ensim, yairu suhu minimum, suhu optimum, dan suhu maksimum. Suhu minimum menunjukkan suhu dimana ensim mulai melakukan aktivitas dengan kecepatan minimum pada suhu rendah. Suhu optimum menunjukkan suhu dimana ensim melakukan aktivitas maksimum. Suhu maksimum menunjukkan suhu dimana ensim melakukan aktivitas minimum sebelum mengakhiri aktivitas karena terjadi kerusakan. Suhu di atas suhu maksimum akan mengakibatkan kerusakan permanen ensim karena terjadi koogulasi asam amino. Suhu maksimum untuk aktivitas ensim juga bervariasi tergantung jenis protein dalam ensim, tetapi pada umumnya di atas 400C dan di bawah 700C.
G.1 OKSIDASI-REDUKSI
Sel mikroorganisme memperoleh energi dari nutrien melalui serangkaian reaksi kimia. Oksidasi diartikan sebagai kehilangan elektron, sedangkan reduksi berarti memperoleh satu atau lebih elektron. Setiap oksidasi selalu ada reduksi yang menyertai, karena elektron tidak dapat berdiri sendiri., oleh karena itu setiap pemindahan elektron dari satu molekul ke molekul lainnya maka ada molekul yang dioksidasi dan ada molekul yang direduksi.
Kebanyakan oksidasi mikrobiologi dikatalis oleh ensim dehidrogenase. Dehidrogenase mengalihkan elektron yang terlepas ke penerima elektron koensim berikutnya, misalnya NAD (nikotinamida adenin dinukleotida) atau NADP sehingga terbentuk NADH atau NADPH. Bagaimana sel dapat mengubah energi dalam elektron-elektron tersebut dijelaskan menggunakan model kemiosmotik pada membran sel.
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
13
Proton yang dilepaskan dari oksidasi NADH diteruskan melewati membran ke medium luar. Elektron yang menyertai dilanjutkan oleh pembawa Fe ke koensim Q-H (Co-Q-H) yang mengambil proton dan elektron lain.
Elektron berakhir pada sistem sitokrom (SIT), tempat elektron diterima oleh O2 untuk membentuk H2O. Proton luar masuk melalui saluran dengan menggunakan kekuatan protonmotif yang dibangkitkan oleh perbedaan pH dan perbedaan potensi listrik, menjadi tempat ATP-ase mengubah ADP dan fosfat anorganik menjadi ATP (adenosin tri-phosphat). Jika proton yang di luar mengalir ke dalam lewat saluran ini, maka akan melepaskan energi dan oleh ATP-ase diubah menjadi energi kimia dengan fosforilasi ADP menjadi ATP. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa :
1. Elektron-elektron yang menuju oksigen diteruskan melewati berbagai pengangkut.
2. Pengangkutan elektron mengakibatkan lewatnya proton (H+) dari sitoplasma ke lingkungan luar.
3. Akibat keluarnya proton maka di dalam sel menjadi bermuatan negatif yang menghasilkan gradien pH antara bagian dalam dan bagian luar sel.
4. Membran memiliki saluran proton khas yang berisi kompleks ensim yang disebut ATP-ase.
G.2 FOTOSINTESIS
Semua organisme yang mengandung klorofil memperoleh energinya langsung dari cahaya dan sumber karbon dari gas CO2 di udara. Reaksi fotosintesis secara keseluruhan dapat ditulis 222222OOCHOHklorofilcahayaOHCO++>+ dan sampai dengan terbentuknya satu molekul glukosa akan terjadi 6 kali reaksi serupa dapat ditulis : 2612622266126OOHCOHklorofilcahayaOHCO++>+ . Fotosintesis terdiri dari dua sistem, yaitu : fotosistem I dan fotosistem II. Fotosistem I menyediakan energi yang diperlukan untuk reduksi CO2 menjadi karbohidrat maupun untuk reaksi lainnya yang berhubungan dengan biosintesis dan pemeliharaan sel. Hal ini dilakukan
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi 14
D:\Kantor\MIKROBIOLOGI\KULIAH_MIK\K4_PERTUMB_METAB.doc
dengan mengubah energi dalam foton cahaya menjadi energi kimia yang dapat digunakan oleh sel. Proses ini mulai ketika foton cahaya diserap oleh molekul klorofil, kemudian klorofil terimbas memancarkan elektron pada tingkat energi tinggi. Dengan kehilangan suatu elektron molekul klorofil teroksidasi dan fungsi fotosistem I selanjutnya adalah menangkap kelebihan energi dalam elektron yang terimbas sewaktu kembali ke tingkat semula dalam molekul klorofil. Penangkapan energi ini terjadi dengan cara yang analog dengan fosforilasi oksidatif, sehingga terbentuk ATP. Tersedianya ATP saja tidak cukup untuk mereduksi CO2 menjadi karbohidrat, tetapi sel harus menyediakan reduktan dalam bentuk koensim NADPH yang dilakukan oleh fotosistem II. Fotosistem II juga menggunakan klorofil dan menggunakan energi yang didapatkan dari foton cahaya untuk menyediakan reduktan. Reaksi fotosistem II dapat ditulis 222122OHeklorofilcahayaOH++>+−. Reaksi inilah yang membangkitkan oksigen dalam fotosintesis. CHOHklorofilcahayaAHCO2222+>+
Fotosistem I dan fotosistem II tidak berjalan sendiri-sendiri, tetapi saling berhubungan. Elektron untuk reduksi NADP berasal dari fotosistem I, sedangkan elektron yang dibangkitkan oleh fotosistem II digunakan fotosistem I untuk mereduksi klorofil. Proton yang dihasilkan dari fotolisis H2O pada fotosistem II dialihkan ke NADP bersama elektron dari fotosistem I sehingga NADP diubah menjadi NADPH.
Fotosintesis pada bakteri fotosintetik tidak mempunyai fotosistem II untuk fotolisis H2O. Oleh karena itu, pada bakteri fotosintetik air tidak pernah merupakan sumber reduktan dan oksigen tidak pernah terbentuk sebagai produk fotosintesisnya. Bakteri fotosintetik menyediakan reduktan yang diperlukan dengan oksidasi kimia donor hidrogen, sehingga reaksi menyeluruh yang mengambarkan fotosintesis sama dengan fotosintesis lainnya tetapi air diganti dengan subtrat tereduksi (H2A). Dengan demikian reaksinya dapat ditulis : AO22+. Berdasarkan pigmen dan tipe reduktan (H2A) yang digunakan dalam fotosintesis dibedakan menjadi tiga kelompok, yaitu : Chlorobiaceae, Chromaticeae, dan Rhodospirillaceae. Chlorobiaceae sering disebut bakteri belerang hijau karena menggunakan beberapa senyawa yang mengandung belerang dan gas hidrogen sebagai reduktan fotosintesis.
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
15
Reaksi fotosintesis Chlorobiaceae mungkin salah satu diantara yang berikut ini tergantung pada reduktan yang tersedia, yaitu :
☻SOCHOHklorofilcahayaSH2)(22222++>+CO ; ☻)(35224222OCHSOHklorofilcahayaOHSCO+>++3 ; ☻4224223222)(23SONaOCHSOHklorofilcahayaOHOSNaCO++>++2 ;☻)(22222OCHOHklorofilcahayaH+>+CO.
Chromaticeae diwakili bakteri belerang ungu yang mengandung pigmen karotenoid berwarna merah-ungu yang pada prinsipnya menggunakan reduktan fotosintesis yang sama dengan bakteri belerang hijau. Rhodospirillaceae diwakili bakteri ungu nonbelerang. Rhodospirillaceae secara morfologi sama dengan Chromaticeae, tetapi Rhodospirillaceae tidak mampu mengunakan senyawa belerang sebagai reduktan fotosintesis. Rhodospirillaceae dapat menggunakan hidrogen atau senyawa organik sebagai reduktan. Satu contoh reaksi fotosintesisnya yaitu : 33223322)(2COCHCHOCHOHklorofilcahayaCHOHCHCHCO++>+.
Fotosintesis bakteri yang tidak dijumpai pada fotosintesis organisme (tumbuhan) secara umum, yaitu : fotosintesis bakteri hanya dapat berlangsung dalam keadaan sama sekali tanpa oksigen dan panjang gelombang yang diserap lebih panjang dari pada panjang gelombang yang diserap dalam fotosintesis tumbuhan.
G.3 AUTOTROF
Sebagian mikroorganisme tidak mempunyai klorofil sehingga untuk mendapatkan energi harus dari oksidasi kimia. Mikroorganisme autotrof merupakan satu kelompok besar mikroorganisme yang mempunyai kemampuan untuk mengubah senyawa anorganik menjadi senyawa organik seperti protein, lemak, asam nukleat, dan vitamin. Hal ini merupakan suatu kelebihan yang sangat tidak mungkin terjadi pada organisme tingkat tinggi.
Mikroorganisme autotrof juga menggunakan CO2 sebagai satu-satunya sumber karbon bagi sintesis selnya, sama dengan mikroorganisme fotosintetik. Mikroorganisme fotosintetik memperoleh energi untuk mengubah CO2 menjadi bahan sel berasal dari cahaya, tetapi
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
16
mikroorganisme autotrof memperoleh energi dari oksidasi kimia. Mikroorganisme autotrof mendapatkan energi dari oksidasi senyaawa anorganik tetapi proses penangkapan energi sama dengan fosforilasi oksidatif, seperti misalnya elektron yang dibebaskan dari oksidasi belerang, amoniak, dan lainnya disalurkan melewati rantai-rantai transpor elektron yang menyebabkan proton menyembul dari membran. Potensial yang terjadi diubah menjadi ikatan fosfat berenergi tinggi jika proton memasuki sel kembali melewati saluran proton.
Berdasarkan jenis bahan anorganik yang dioksidasi sebagai sumber energi, bakteri autotrof dibedakan menjadi beberapa kelompok, misalnya :
Thiobacillus mengoksidasi belerang []42222232SOHOHOS⇒++ ;
Nitrosomonas mengoksidasi amoniak []OHHCLHNOOClNH222422232++⇒+ ;
Nitrobacter mengoksidasi nitrit []32222NaNOONaNO⇒+ ;
Siderocapsa mengoksidasi senyawa-senyawa besi []232234)(464COOHFeOHOFeCO+⇒++ ; dan masih banyak lagi.
G.4 HETEROTROF
Mikroorganisme heterotrof mensintesis protoplasma dari sumber bahan organik (heterotrof = diberi ‘makan’ oleh yang lain), oleh karena itu nutrisinya disebut heterotrofik (mengabsorbsi nutrien dari bahan organik). Sebagian besar mikroorganisme bersifat heterotrof dan tidak ada pengelompokan yang tegas berdasarkan substratnya, karena banyak heterotrof mungkin memerlukan senyawa organik lebih bervariasi dari heterotrof lainnya. Mikroorganisme heterotrof yang paling primitif pada kenyataannya bersifat autotrof, kecuali karbon dan energinya. Mikroorganisme ini tidak dapat mengambil unsur-unsur dari atmosfer, tetapi jika ada persediaan satu substansi organik, misalnya glukose atau dextrose sebagai sumber karbon, maka mikroorganisme ini dapat menggunakan bahan anorganik untuk keperluan yang lain.
Berikut ini penggolongan berdasarkan energi dan sumber karbon mikroorganisme,
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
17
Kelompok
Sumber Energi
Sumber Karbon
Kemoheterotrof
Oksidasi senyawa organik
Bahan organik
Kemoautotrof
Oksidasi senyawa anorganik
CO2
Fotoheterotrof
Cahaya
Bahan organik
Fotoautotrof
Cahaya
CO2
H. Pengendalian Mikroorganisme
Mikroorganisme banyak yang bermanfaat dan banyak pula yang merusak dan membahayakan manusia, termasuk dalam dunia pertanian. Hal ini tampak pada kemampuannya untuk membantu tumbuhan, menginfeksi tumbuhan sampai dengan mikroorganisme penghasil racun. Mikroorganisme bermanfaat misalnya : macam-macam Rhizobium sebagai bakteri penambat N pada tanaman legum, mikoriza sebagai jamur simbion akar tanaman, macam-macam khamir dan bakteri fermen pada agroindustri. Mikroorganisme perusak, misalnya : dekomposer yang merusak macam-macam bahan organik, patogen sebagai penyebab penyakit tanaman, sedangkan mikroorganisme yang membahayakan manusia, misalnya : macam-macam jamur penghasil mikotoksin. Oleh karena itu, perlu adanya prosedur untuk mengendalikannya agar yang bermanfaat dapat lebih menguntungkan dan yang merusak tidak merugikan manusia. Pada bab ini yang dimaksud pengendalian hanya terbatas pengendalian mikroorganisme yang merusak, sehingga hanya meliputi kegiatan-kegiatan yang dapat menghambat, menyingkirkan dan membunuh mikroorganisme, yang bertujuan untuk mencegah penyebaran mikroorganisme, mencegah dan mengurangi kerusakan serta mencegah dan mengurangi tingkat bahaya.
Mikroorganisme dapat dihambat, dibunuh maupun disingkirkan menggunakan sarana atau proses fisik dan kimia. Saraana fisik misalnya : suhu, tekanan, radiasi, pembakaran dan penyaringan, sedangkan sarana kimia misalnya : disinfektan (bahan kimia yang mematikan sel-sel vegetatif), antiseptik (substansi pencegah infeksi), bakterisida (substansi yang meracun bakteri), fungisida (subtansi yang meracun jamur).
Banyak faktor yang dapat mempengaruhi penghambatan dan terbunuhnya mikro-organisme oleh proses fisik maupun kimia yang dipertimbangkan untuk keefektifan penerapan praktis pengendalian mikroorganisme. Faktor-faktor tersebut meliputi lingkungan biotik dan abiotik. Lingkungan biotik meliputi asosiasinya dengan organisme lain sedangkan lingkungan abiotik meliputi lingkungan fisik dan kimia.
H1. Temperatur
Temperatur atau suhu merupakan salah satu lingkungan fisik yang penting dalam kehidupan mikroorganisme. Jenis-jenis mikroorganisme tertentu dapat hidup pada kisaran suhu yang luas
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
18
sedangkan jenis lainnya pada kisaran suhu yang sempit. Secara keseluruhan, batas kisaran suhu kehidupan mikroorganisme terletak antara -10oC sampai dengan 90oC dan terbagi dalam tiga daerah suhu kegiatan, yaitu : psikrofilik atau kryofilik, mesofilik, dan termofilik. Masing-masing daerah suhu kegiatan juga terbagi dalam tiga daerah suhu kehidupan, yaitu suhu minimum, optimum dan maksimum.
Suhu minimum merupakan suhu terendah dimana mikroorganisme masih melakukan kegiatan hidup. Turunnya suhu dari suhu minimum akan mengakibatkan terhentinya kegiatan fisiologis, tetapi jika turunnya suhu terjadi secara bertahap dan kembali naik secara bertahap pula, maka kegiatan fisiologinya akan berjalan kembali. Suhu optimum merupakan suhu dimana mikroorganisme melakukan kegiatan dengan kecepatan tertinggi. Suhu maksimum merupakan suhu tertinggi dimana mikroorganisme masih dapat melakukan kegiatan hidup. Naiknya suhu dari suhu maksimum akan mengakibatkan terhentinya kegiatan fisiologis, tetapi jika suhu kembali turun biasanya kegiatan fisiologinya tetap terhenti. Mikroorganisme psikrofilik atau kryofilik merupakan kelompok mikroorganisme yang dapat hidup pada kisaran suhu rendah, di bawah 30oC sampai di bawah 0oC, dengan suhu optimumnya sekitar 15oC. Mikroorganisme mesofilik merupakan kelompok mikroorganisme yang hidup pada kisaran suhu 15oC sampai 40oC dengan kisaran suhu optimum 25oC sampai 37oC. Mikroorganisme termofilik merupakan kelompok mikroorganisme yang hidup pada suhu tinggi, biasanya antara 40oC sampai dengan 75oC, dengan kisaran suhu optimum 55oC - 60oC. Kisaran suhu minimum sampai maksimum inilah yang kita gunakan untuk mengendalikan mikroorganisme sesuai dengan kepentingan kita.
Dalam kisaran daerah suhu kegiatan, telah diketahui bahwa kenaikan suhu akan menaikan kecepatan reaksi (suatu kegiatan). Hal ini disebabkan karena di dalam proses metabolisme terjadi suatu rangkaian reaksi biokimia yang dikatalisis oleh ensim. Ensim merupakan protein, sehingga kenaikan suhu yang menaikan kecepatan reaksi hanya sampai batas suhu maksimum. Kenaikan suhu yang melebihi suhu maksimum akan mengakibatkan denaturasi protein dan ensim, sehingga proses metabolisme akan terhenti dan tak dapat kembali terjadi reaksi biokimia karena ensim sudah rusak oleh denaturasi. Kematian karena suhu tinggi di atas suhu maksimum ini kita sebut kematian termal dan waktu yang dibutuhkan untuk mematikan mikroorganisme dalam suhu tinggi disebut waktu kematian termal. Misalnya spora Bacillus anthracts dalam kondisi kering akan mati pada suhu 160oC selama 90 menit tetapi dalam kondisi lembab akan mati pada suhu 100oC
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
19
selama 10 menit. Contoh lain misalnya Clostridium botulinum mempunyai suhu kematian 105oC selama 24 menit jika jumlah sporanya hanya 900 sel/ml, tetapi kematiannya membutuhkan waktu 56 menit jika jumlah sporanya mencapai 9 juta sel/ml.
Untuk membunuh mikroorganisme menggunakan pemanasan umumnya lebih mudah pada kondisi asam atau alkalis dibanding kondisi netral (pH = 7). Adanya partikel atau benda padat dan senyawa tertentu dalam medium biasanya akan menaikan katehanan mikroorganisme terhadap pemanasan. Hal ini disebabkan karena terjadi mekanisme terhalangnya suhu mencapai sasaran lebih cepat. Suhu rendah juga dapat mengakibatkan kematian mikroorganisme jika suhu turun dengan tiba-tiba sampai pada di bawah titik beku. Hal ini disebabkan karena protoplasma menjadi tidak reversibel akibat rusaknya membran organel yang sobek oleh memuainya substansi atau terjadi kristal es pada waktu membeku (hukum anomali air). Bila suspensi bakteri didinginkan dengan cepat dari 45oC ke titik beku maka jumlah bakteri yang mati dapat mencapai 95%, tetapi pendinginan secara bertingkat akan mengakibatkan jumlah kematian berkurang. Proses pendinginan bertingkat di bawah titik beku dalam keadaan hampa udara banyak digunakan untuk mengawetkan biakan dan proses ini disebut lyofilisasi. Lyofilisasi menggunakan tepung yang terdiri atas sel-sel lyofilik sehingga sangat mudah menarik air kemudian diubahnya menjadi uap air dan tidak mengakibatkan denaturasi protein.
H2. Kelembaban dan kadar air
Kelembaban dan kadar air biasanya berpengaruh terhadap pertumbuhan dan pembentuk alat tahan mikroorganisme. Pertumbuhan bakteri dan jamur satu sel memerlukan kelembaban di atas 85%, sedangkan untuk aktinomiset dan jamur benang memerlukan kelembaban lebih rendah sampai di bawah 80%. Kadar air dalam larutan (aw) merupakan nilai perbandingan antara tekanan uap air larutan dengan tekanan uap air murni atau setara dengan 1/100 kelembaban relatif (Rh/100). Nilai aw untuk bakteri terletak antara 0,75 sampai 0,999.
Banyak mikroorganisme yang bertahan hidup dalam keadaan kering untuk waktu yang lama, seperti dalam bentuk spora, konidia, artrospora, klamidospora, dan kista. Bentuk-bentuk tahan ini biasanya akan terpacu tumbuh jika kelembaban dan kadar air kembali ke kondisi yang diperlukan. Proses pengeringan yang berlanjut akan menyebabkan rusaknya sel akibat pengaruh tekanan osmose dan naiknya kadar zat terlarut. Pengeringan bahan digunakan untuk pengendalian bahan
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
20
agar tak terserang mikroorganisme. Bahan yang kering berarti aw-nya rendah sehingga mikroorganisme tidak melakukan aktivitas pertumbuhan.
H3. Tekanan Osmose
Larutan hipertonis (pekat) menghambat pertumbuhan karena dapat menyebabkan plasmolisis atau terjadi kerusakan membran plasma. Tekanan osmose tinggi banyak digunakan dalam praktek pengendalian bahan makanan supaya tidak terserang mikroorganisme karena pertumbuhannya. Contoh pengendalian dengan menggunakan tekanan osmose tinggi, misalnya : ikan yang diasinkan, asinan sayuran, dan buah-buahan yang dibuat manisan. Ada beberapa mikroorganisme yang tahan terhadap tekanan osmose tinggi, misalnya khamir osmofil dapat tumbuh pada kadar garam tinggi, dan bakteri halodurik dapat tahan dalam substrat berkadar garam 30%.
H4. Derajat Keasaman
Derajat keasaman atau pH mempunyai nilai 1 sampai dengan 14, semakin rendah nilai pH dikatakan semakin asam dan sebaliknya semakin tinggi nilai pH-nya dikatakan semakin basa. Nilai pH 7 merupakan nilai netral, artinya tidak asam dan tidak basa. Setiap mikroorganisme mempunyai kisaran hidup pada pH tertentu yang terdiri atas Ph minimum, optimum dan maksimum. Bakteri mempunyai kisaran nilai pH untuk pertumbuhan sekitar daerah netral antara 6,5 sampai dengan 7,5, sedangkan khamir di daerah asam antara 4,0 sampai 4,5. Jamur benang dan aktinomiset tertentu mempunyai kisaran daerah pH yang lebih luas dibanding bakteri maupun khamir. Oleh karena itu mikroorganisme juga dikelompokan menjadi 3 kelompok berdasarkan kisaran pH kehidupannya. Mikroorganisme yang hidup dalam kisaran pH asam termasuk dalam kelompok asidofilik, sedangkan yang hidup dalam kisaran basa termasuk dalam alkalifilik dan yang hidup di daerah pH netral disebut mesofilik atau neutrofilik.
Lingkungan abiotik lain yang mempengaruhi pertumbuhan mikroorganisme masih sangat banyak, misalnya senyawa-senyawa beracun (toksik), arus listrik, radiasi, tegangan permukaan, dan tekanan mekanik. Lingkungan-lingkungan tersebut akan dibicarakan pada mikrobiologi terapan.
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
21
H5. Lingkungan Biotik dan Senyawa Antibiotik
Secara alami jarang ditemukan kehadiran mikroorganisme dalam keadaan murni, tetapi selalu dalam bentuk asosiasi dengan organisme-organisme lainnya. Terdapat bermacam-macam bentuk asosiasi diantara mikroorganisme dengan organisme lain, mulai dari asosiasi yang sangat erat sampai asosiasi yang renggang. Setiap asosiasi yang mengakibatkan pelaku asosiasi mendapatkan keuntungan darinya kita sebut simbiose. Berdasarkan kepada bentuk dan sifat simbiosisnya, mikroorganisme dibedakan ke dalam 6 golongan, yaitu :
1. Komersialisme, yaitu bentuk asosiasi yang renggang dan hanya satu pihak saja yang mendapatkan keuntungan asosiasi.
2. Mutualisme, yaitu bentuk asosiasi erat yang masing-masing jenis di kedua belah pihak mendapatkan keuntungan. Kata simbiose sering digunakan untuk menyatakan bentuk asosiasi yang saling menguntungkan, tetapi sekarang lebih digunakan istilah mutualisme, sedangkan simbiose digunakan untuk menyatakan asosiasi yang mendapatkan keuntungan tanpa dilihat pihak mana yang untung. Contoh mutualisme misalnya : asosiasi Rhizobium dengan tanaman Legum, dan asosiasi mikoriza dengan inangnya.
3. Parasitisme, yaitu bentuk asosiasi erat yang salah satu pihaknya hanya mengambil keuntungan dari pihak lainnya. Mikroorganisme yang mengambil keuntungan disebut parasit dan pihak lainnya disebut inang. Jika asosiasi parasitisme ini mengakibatkan penderitaan inangnya, maka parasitnya kita sebut patogen.
4. Antibiosis, yaitu bentuk asosiasi kehidupan yang mengakibatkan salah satu pihak terbunuh atau terhambat pertumbuhannya karena ada pihak yang menghasilkan senyawa beracun atau senyawa penghambat. Peristiwa antibiosis ini merupakan salah satu usaha mikroorganisme untuk melindungi diri sendiri. Mekanisme perlindungan semacam ini terjadi akibat terbentuknya hasil metabolisme yang berupa hasil sisa maupun hasil sintesis. Senyawa hasil tersebut dapat bersifat racun (toksin), antibiotik, atau berupa senyawa yang merubah faktor lingkungan.
5. Sinergisme, merupakan bentuk asosiasi kehidupan yang menyebabkan terjadinya kemampuan yang lebih dibanding jika dilakukan sendiri-sendiri.
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
22
6. Sintropisma, merupakan bentuk asosiasi beberapa jenis organisme terhadap sumber nutrien yang diantara organisme pelaku saling menyediakan nutrien tersedia untuk organisme lainnya. Sintropisma penting dalam penguraian bahan organik tanah dan dalam proses pengolahan limbah. Sebagai ilustrasi, sintropisma antara mikroorganisme A, B, dan C dalam menguraikan zat X. Zat X hanya dapat diurai oleh mikroorganisme A dan mikroorganisme B baru dapat mengurai zat X menjadi zat yang dapat diurai C jika sudah diurai oleh mikroorganisme A.
Dengan demikian kita tahu bahwa pertumbuhan atau kehidupan mikroorganisme sangat tergantung kepada lingkungan abiotiknya maupun bentuk asosiasinya dengan lingkungan biotiknya.
رنم  بع ف  م ب 
Bambang Purnomo, 2004. Bahan Kuliah Dasar-dasar Mikrobiologi
23